Mac OSX (lion)で、とあるconfigureスクリプトを実行中に

cannot find jni.h in /System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home/include.

というエラーが出ました。

JAVA_HOMEの設定が設定されてなかったら先にやります.

そして、

$ sudo ln -s /Developer/SDKs/MacOSX10.7.sdk/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/A/Headers $JAVA_HOME/include

OSX Lionだと

$ sudo ln -s /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/Current/Headers $JAVA_HOME/include

これで解決すると思います。